สโลแกน 
          พัฒนาภูมิปัญญาไทยสู่ชุมชน 

ความเป็นมาของสาขาวิชา 
          ในปี พ.ศ. 2548 คณะสาธารณสุขศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร ได้มีการมีการจัดการเรียนการสอนในหลักสูตรสาธารณสุขศาสตร์บัณฑิต สาขาการแพทย์แผนไทยประยุกต์ ซึ่งได้มุ่งเน้นผลิตบัณฑิตให้เป็นนักส่งเสริมสุขภาพ ป้องกันการเจ็บป่วย รักษาและฟื้นฟูสุขภาพได้ครอบคลุมมิติการดูแลสุขภาพแบบองค์รวม โดยใช้องค์ความรู้ด้านการแพทย์แผนไทย การแพทย์แผนไทยประยุกต์ ซึ่งเป็นองค์ความรู้ที่เหมาะสมกับระบบสุขภาพแบบพึ่งตนเอง ที่เป็นกระแสนิยมในปัจจุบันที่มีการมองหาทางเลือกใหม่ในการดูและ รักษาสุขภาพที่เป็นธรรมชาติ ควบคู่ไปกับการรักษากับการแพทย์แผนปัจจุบัน และมุ่งให้นิสิตมีการคิดริเริ่ม มีความเป็นผู้นำทางด้านวิชาการ และการวิจัยเพื่อการพัฒนา และการหาองค์ความรู้ นวัตกรรมใหม่ๆทางด้านการแพทย์แผนไทย และแพทย์แผนไทยประยุกต์ เพื่อแก้ปัญหาด้านสุขภาพ และเพื่อสนองความต้องการบุคลากรทางด้านการแพทย์แผนไทยที่กำลังขาดแคลนทั้งภาครัฐ และเอกชน 
ในปี 2550 ได้ทำการปรับเปลี่ยนโครงสร้างหลักสูตรเพื่อให้มีความพร้อมในการจัดการศึกษา และมีทรัพยากรด้านต่างๆ ที่สอดคล้องกับเกณฑ์มาตรฐานวิชาชีพ ตามที่คณะกรรมการการประกอบโรคศิลปะสาขาการแพทย์แผนไทยประยุกต์กำหนดไว้ว่า แพทย์แผนไทยประยุกต์เป็นผู้ประกอบวิชาชีพที่มีความรู้  ความสามารถในการปฏิบัติงานด้านการดูแลสุขภาพอนามัยของประชาชนแบบองค์รวมสามารถตรวจวินิจฉัย รักษาส่งเสริมป้องกัน ฟื้นฟูสุขภาพ และการผลิตยา โดยใช้ทฤษฎีการแพทย์แผนไทยและสามารถนำความรู้ทางวิทยาศาสตร์ และวิทยาศาสตร์การแพทย์ มาประยุกต์ใช้ได้อย่างเหมาะสม ตลอดจนสามารถใช้เครื่องมือวิทยาศาสตร์ภายใต้ขอบเขตของกฎหมายเพื่อการตรวจวินิจฉัย รักษา ส่งเสริมป้องกัน ฟื้นฟูสุขภาพ

 พันธกิจ/เป้าประสงค์ 
          มุ่งเน้นการอนุรักษ์และส่งเสริมการใช้ภูมิปัญญาไทยให้สอดคล้องกับบริบททางสังคมไทยและสังคมโลก  ตลอดจนส่งเสริมให้มีการดูแลสุขภาพแบบองค์รวมและพึ่งพาตนเองได้

บทบาทของกลุ่มสาขาวิชา 
          มุ่งผลิตบัณฑิต ที่มีคุณธรรมจริยธรรมของแพทย์แผนไทยประยุกต์ จริยธรรมสําหรับผู้ประกอบโรคศิลปะ  มีความรู้ความสามารถในการทําเวชปฏิบัติการแพทย์แผนไทยประยุกต์อย่างมีคุณภาพ และได้มาตรฐานและตลอดจนการวิจัยพัฒนาองค์ความรู้การแพทย์แผนไทยมีวิจารณญาณ สามารถวิเคราะห์และสังเคราะห์ข้อมูล  และกําหนดแนวทางในการแก้ปัญหาหรือการพัฒนางานในความรับผิดชอบได้ อย่างมีเหตุผล เป็นองค์รวม และอย่างสร้างสรรค์